Thủ tục trao đổi, tra soát thông tin nộp thuế với cơ quan hải quan (mới nhất 2026)

Khi nộp thuế hàng hóa xuất nhập khẩu có sai sót (sai số tiền, sai tờ khai, sai mục lục ngân sách…), doanh nghiệp cần làm thủ tục tra soát, điều chỉnh thông tin nộp thuế với cơ quan hải quan. Thủ tục này được chuẩn hóa theo Quyết định 2864/QĐ-BTC ngày 20/8/2025 của Bộ Tài chính, căn cứ Thông tư 51/2025/TT-BTC về giao dịch điện tử trong lĩnh vực thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu.

Cập nhật 2026: từ ngày 01/3/2025, Tổng cục Hải quan được tổ chức lại thành Cục Hải quan (Quyết định 382/QĐ-BTC); các Chi cục được sắp xếp thành Chi cục Hải quan khu vực. Các hệ thống điện tử (VNACCS/VCIS, cổng dknsd.customs.gov.vn, Cổng thanh toán điện tử hải quan) vẫn hoạt động tại các địa chỉ cũ.

Lưu ý thêm: Thông tư 121/2025/TT-BTC (hiệu lực từ 01/02/2026) sửa đổi nhiều quy định về thủ tục hải quan, giám sát hải quan và quản lý thuế hàng hóa xuất nhập khẩu – doanh nghiệp nên rà soát quy trình nội bộ theo văn bản mới.

1. Ai được áp dụng?

• Người nộp thuế theo Luật Quản lý thuế (doanh nghiệp, cá nhân có hàng hóa xuất nhập khẩu).
• Ngân hàng, tổ chức tín dụng, tổ chức cung ứng dịch vụ trung gian thanh toán.
• Tổ chức, cá nhân liên quan đến hàng hóa xuất nhập khẩu, quá cảnh và phương tiện vận tải xuất nhập cảnh.

2. Cách gửi hồ sơ

• Trực tuyến: đăng nhập Cổng thanh toán điện tử hải quan hoặc Cổng thông tin điện tử hải quan, lập hồ sơ tra soát/điều chỉnh chứng từ nộp ngân sách và ký số trước khi gửi.
• Trực tiếp tại cơ quan hải quan quản lý.
• Qua bưu chính hoặc dịch vụ chuyển phát.

3. Cơ quan hải quan xử lý thế nào?

• Tiếp nhận và xử lý trong 01 ngày làm việc kể từ khi nhận đủ hồ sơ.
• Hồ sơ chưa đủ: hải quan gửi thông báo đề nghị giải trình, bổ sung thông tin.
• Đủ căn cứ điều chỉnh: hải quan lập giấy đề nghị điều chỉnh thu ngân sách gửi Kho bạc Nhà nước và thông báo cho người nộp thuế; không đủ căn cứ thì thông báo rõ lý do.

4. Phí và yêu cầu

• Không thu phí, lệ phí.
• Hồ sơ đầy đủ, chính xác và được ký số hợp lệ – chữ ký số phải còn hiệu lực và đã đăng ký với hải quan.

5. Lợi ích

Quy trình trực tuyến, thời hạn rõ ràng giúp doanh nghiệp sửa sai sót nộp thuế nhanh, minh bạch, tránh ảnh hưởng đến thông quan hàng hóa.

Câu hỏi thường gặp

Chữ ký số hết hạn có gửi hồ sơ tra soát được không?

Không. Hồ sơ điện tử phải được ký bằng chữ ký số còn hiệu lực. Hãy gia hạn chữ ký số và cập nhật lên hệ thống hải quan trước.

Thời gian xử lý bao lâu?

01 ngày làm việc kể từ khi cơ quan hải quan nhận đủ hồ sơ hợp lệ.

Nội dung mang tính tham khảo, tổng hợp theo Quyết định 2864/QĐ-BTC và Thông tư 51/2025/TT-BTC; vui lòng đối chiếu văn bản gốc hoặc liên hệ cơ quan hải quan quản lý khi thực hiện.